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1、原料生物性因素：即大部分植物原料的生物学属性改变，或品系改良天然抗病力的下降，导致霉菌毒素的产生和污染。例如玉米、小麦、燕麦、大麦、花生等最易滋生9-10种霉菌毒素;大米、高粱易滋生4-5种霉菌毒素;大豆、棉花等易滋生1-2种霉菌毒素。目前我国主要种植的各种玉米尚无抗霉菌毒素品系。
2、原料种植过程中的因素：大多数谷物在田间种植期间如果遇到干旱、洪涝的恶劣气候均会产生霉菌毒素。例如玉米在生长过程中要经历播种、分叶、拔节、抽雄、灌浆、乳熟、结实等不同阶段，尤其在后三个阶段期间非常容易因天气变化导致在田间发生霉变。这也就是为什么人们根据毒素污染的阶段将霉菌毒素分为田间毒素和仓储毒素两类。
3、原料收获过程中的因素：谷物未完全成熟、机械磨损，昆虫鼠害损伤等均易造成霉菌毒素污染。
4、饲料及原料生产储存过程中的因素：值得注意的是，霉菌的孢子总是常规存在于饲料及原料之中，等待适宜温度和湿度，进而萌发并代谢出霉菌毒素。因此在饲料及原料的生产加工和储存过程中对温度、湿度的控制尤其关键。通常玉米的水分含量超过14%，饼粕类水分超过12%即非常容易产生霉菌毒素。另外一个常知的因素温度也会让我们产生误解而犯下错误，大部分霉菌繁殖最佳温度是 25 – 35℃，但是人们忽略的是低温0--10℃，同样会有霉菌的繁殖，例如黄曲霉毒素在潮热的环境下容易产生，而像呕吐毒素在0℃就可以产生，玉米赤霉烯酮在10℃时就可以产生。因此产自于北方的谷物原料中一样经常含有霉菌毒素的污染，只是霉菌毒素的种类不同于来自南方的原料。
5、饲料销售及使用过程中的因素：饲料厂产品库内堆积、运输到养殖场的装载环、养殖场的场内存放、畜舍饲喂系统的再污染等因素造成了霉菌毒素的二次污染问题，这也需要饲料生产企业和养殖企业共同重视的。
因此，无论是饲料生产企业还是养殖企业，都需要密切关注原料、饲料的霉菌毒素含量，要防止饲料及原料发霉，也可在饲料中添加霉菌毒素吸附剂。注意一定要加强霉菌毒素的检测力度，防止霉菌毒素对动物造成的危害。